醫療淨化工程在初步建設完畢之後接下來的步驟（procedure)就是進行裝修設計，特別是高級別的手術室淨化對於室內裝飾有著非常嚴格的要求，使其在滿足功能要求的前提下，減少因材料和構造而產生或積聚的塵菌（fungus)，這對預防汙染、降低（reduce)術後感染率是至關重要的。潔淨手術室裝修手術室的空氣；手術所需的物品；醫生護士的手指及病人的皮膚，防止感染，確保手術成功率。要求設計合理，設備齊全，護士工作反應靈敏、快捷，有高效的工作效率。手術室要有一套嚴格合理的規章製度和無菌操作規範。隨著外科技術飛速發展，手術室工作日趨現代化。
層流手術室淨化地麵裝修
由於地麵的汙染度比牆和吊頂要高得多，大量塵粒由於醫護人員在地板上的走動和各種設備的移動而產生，故地麵裝修應引起設計人員的重視。層流手術室淨化采用高效低毒消毒劑，以及合理使用，是保障一般手術室無菌環境的有力措施。根據不斷討論與反複斟酌，修訂後《綜合醫院建築設計規範》中，關於一般手術室的條文最終確定為：“一般手術室應采用末端過濾器不低於高中效過濾器的空調係統或全新風通風係統。地麵裝修應做到平整、光滑、耐磨、耐侵蝕(酸、堿、藥)、易清潔。國內常采用現澆水磨石，取其光滑、耐磨、不起塵、防靜電(是一種處於靜止狀態的電荷)、易清洗之長，但不宜采用過氧(Oxygen)乙酸稀釋(dilute)液洗消，否則會與堿性的水泥（材料:粉狀水硬性無機膠凝材料)起反應導致麻麵。
較高檔的地麵裝修可選用橡膠(Rubber)、聚胺脂(polyurethane)塗料、樹脂類板材等，如在歐美、日本的許多醫療手術環境中，都采用了彈性塑膠(相關聯事物:塑料)卷材作地麵材料。潔淨手術室裝修手術室的空氣；手術所需的物品；醫生護士的手指及病人的皮膚，防止感染，確保手術成功率。要求設計合理，設備齊全，護士工作反應靈敏、快捷，有高效的工作效率。手術室要有一套嚴格合理的規章製度和無菌操作規範。隨著外科技術飛速發展，手術室工作日趨現代化。它最顯著的優點，就是少接縫(通常采用熱熔焊接進行卷材間的連接，焊條由與卷材相同的塑膠材料製成)，可避免汙物及特殊結構:莢膜、鞭毛、菌毛（fungus)的堆積，另外，它還具有耐汙易潔、腳感舒適、花紋款式多樣、安裝及更換簡便等水磨石無法比擬的優點。
在垂直手術室淨化，如采用地麵或地溝回風，回風部位麵板應選用塊狀活動隔柵地板。地麵不宜設地漏，否則應設高水封地漏，以防透氣汙染潔淨室內空氣。
層流手術室淨化吊頂裝修
頂棚底麵需布置與安裝高效過濾器(作用:過濾雜質等)送風口、照明燈具、煙感滅火器等，各種管線均需隱蔽在頂棚內，故頂棚部分是手術室淨化內部裝修的重點部位。頂棚以輕鋼龍骨及大塊麵板材料做吊頂為宜，吊頂上風管等振動影響較多，故控製（control)振動脫落比控製材料表麵硬度（Hardness)更重要。吊頂罩麵材料宜采用密封膠灌縫或壓條密封，使之形成整體，防止吊頂上部空間的灰塵通過縫隙汙染潔淨手術室的氣流。
層流手術室淨化門窗裝修
在無窗的手術室淨化工程中，醫護人員及病患者因與外界完全隔絕，都容易產生抑鬱、“被監禁”等不良感覺，不利於手術順利進行(尤其是時間較長的大型手術)。因而筆者認為，潔淨手術室可根據實際情況，適當設置窗戶，改善手術室內的環境氣氛，同時利於室外醫護人員及時了解手術情況，不必入內即可與室內人員進行溝通。
層流手術室淨化門位設置與氣流流向和手術床有很大關係，在水平層流手術室，門位設在下風向，在其他手術室，門設在病人腳的方向，可以防止進出人流對病人的影響。
