手術室淨化至關重要，容不得半點馬虎，須按照操作規程來進行消毒淨化，是對每一位病患的負責。手術室淨化手術室須嚴格劃分為限製區(無菌手術間)、半限製區(汙染手術間)和非限製區。三區分隔開的設計有二：一為將限製區與半限製區分設在不同樓層的兩部分，這種設計可徹底進行衛生學隔離，但需二套設施，增加工作人員，管理不便；二為在同一樓層的不同段設限製區和非限製區，中間由半限製區過渡，設備共用，這種設計管理較方便。合理的操作和正確的使用，對係統的使用周期(lifetime)，淨化質量以及手術室的潔淨度等都起著十分明顯的作用，機組的開啟與手術室的使用是密切相連的，值得我們注意的有一下幾點。
1、為保證室內有足夠的潔淨的新鮮空氣，手術進行前半個小時要啟動淨化機組。淨化手術室由於手術室要嚴格控製低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超淨裝置的穩定性是層流淨化手術室的重要驗收指標。由於歐美手術室潔淨標準與中國環境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業標準都普遍難於確保手術室淨化的長期穩定（一般隻能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方麵出現了明顯的檔次劃分。
2、為了清潔室內牆壁、地板等，維持一個良好的潔淨狀態，手術結束後，清潔。手術室裝修層流手術室不僅要求高度潔淨的空氣（進入手術室的空氣首先須經高效過濾器淨化），而且要求能控製氣流的流通方向（即采用層流超淨裝置），使氣流從潔淨度高的手術區域流向潔淨度低的區域，並帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌。消毒工作應在機組運行中進行，結束後不要馬上停機，機組還要繼續運行，時間不小於30分鍾。
3、由於溫度（temperature)不僅是人員舒適性問題，合適的溫濕度是維持一個良好的潔淨狀態的必需條件，所以手術過程中若出線溫、濕度不受控製（control)，偏離設定值。巡回護士應及時通過護士站立即聯係機組工作人員進行調節
4、已完成淨化待用的手術間，如果有人進入就要開機運行，目的就是防止室內再次被汙染。
總之，淨化的運行與管理，是醫院全麵管理及潔淨手術室綜合管理的一部分，它包含著設備、物資、技術、品質（Character)和環境的管理。對其進行有序的管理。不但有利於患者，更有利於人們的身體就健康。
