因層流係統並無消毒滅菌之功效，層流手術室其“無菌”環境主要是通過空氣的“過濾”、“層流”以及室內維持“正壓”狀態來維持的。因此，層流手術室環境的管理必須強調以下方麵。
嚴格人流、物流管理：①嚴格控製人員進出。②嚴格著裝管理要求。③保持手術室“相對密閉狀態”，保證室間空氣的潔淨度。④嚴格分離潔汙流線，以保證層流手術室空氣的潔淨度及流程的需要。劃分無菌、急診和感染手術間。
控製手術間空氣的溫度：適宜的溫度不僅使病人舒適，更有利於傷口的愈合。室內溫度控製在22～25℃，濕度控製在50%～60%較為合適，不僅滿足人體舒適度且又不利於室內微生物的生存。
強化衛生清潔管理：潔淨手術部的一切清潔工作必須采用濕式打掃，在淨化空調係統運行中進行，手術間無影燈、手術床、器械車、壁櫃表麵及地麵應在每天手術前後用清水、消毒液各擦拭1次。每周進行徹底清掃1次，每月再進行衛生大掃1次，使用的清潔工具不宜用掉纖維的織物材料製作。對空氣灰塵粒子數、噪音、溫濕度進行檢測1次，並將結果上報備案。
減少各種汙染的機會：各項術前準備工作在打開無菌包前進行。嚴禁在手術室間折疊各種布類敷料。
