層流手術室的空氣淨化係統本身並沒有殺菌功能，它是通過過濾塵埃極大限度地消除細菌附著的載體，而殘存的浮遊菌及其他感染手術遺留的致病菌還會附著在醫療器具的表麵及空氣中。鑒於目前百級以下的層流手術室多采用亂流潔淨室設計，所以還存在氣流循環死角，是手術室致汙原因之一。
手術床墊、體位墊與手術病人接觸機會最多，術中體腔內滲出液、膿液、血液最易遺留在手術床墊及體位墊上，屬於高度危險品。另外，手術間踏腳凳是醫護人員術中腳踩的矮凳，多為木製，由於鞋底頻繁接觸地麵，因此汙染機會較多，加之踏腳凳底部常被衝洗體腔的液體沾濕，利於細菌生長。
接送患者的推車同時出入有菌區、無菌區和清潔區，將大量的細菌帶入交換區，而外出的推車又將病房的細菌帶入交換區，推車上的被褥也常被手術病人的血跡、引流物汙染，其他病人繼續使用時就會成為汙染源。
手術室拖布是細菌滋生源和傳播病菌的載體。由於長年潮濕加之拖布中間的缺氧環境，極利於厭氧菌和銅綠假單胞菌的生長。用於清潔層流手術室地麵時，勢必造成地麵嚴重汙染。洗器械的水池也是手術室細菌的滋生源，感染手術後的器械雖規定先用消毒液浸泡後清洗，但總有殘留的致病菌汙染水池表麵及下水孔周圍，再清洗其他物品時就會將細菌傳播到別處。
